Пациенты с острым миокардитом и незначительным поражением сердца в большинстве случаев выздоравливают без долгосрочных последствий. Однако у пациентов с выраженной дисфункцией сердца, сопровождающей миокардит, прогноз может быть разнообразным: по меньшей мере 30% пациентов имеют остаточную дисфункцию желудочков, 25% может понадобиться трансплантация либо исход будет летальным, а оставшиеся выздоравливают с восстановлением нормальной функции желудочков. У особых подгрупп пациентов с миокардитом возможны другие исходы. Больные молниеносным миокардитом имеют превосходный долгосрочный прогноз: выживаемость 93% без трансплантации в течение 11 лет. У пациентов с гигантоклеточным миокардитом прогноз чрезвычайно плохой: средняя выживаемость — < 6 мес, большинству из них понадобится трансплантация. У пациентов с хроническим активным миокардитом и ДКМП (участники Myocarditis Treatment Trial) прогноз относительно плохой. Всем им диагноз «миокардит» был поставлен на основании критериев Dallas. Смертность среди этих пациентов составила 20% в течение года и 56% — в течение 4,3 года, с большим количеством случаев ХСН, несмотря на оптимальное лечение. В нескольких исследованиях предпринимались попытки определения факторов, которые могут прогнозировать последствия вирусного миокардита. Несмотря на то что многие из этих факторов не воспроизводятся от исследования к исследованию, некоторые из них могут прогнозировать летальный исход или необходимость трансплантации, например синкопе, признаки блокады ветвей пучка Гиса на ЭКГ и ФВ < 40%.