В качестве дополнительного к трансгенезу метода изучения роли специфических генов в развитии и физиологии мыши используют делению генов. В исследованиях по делении генов экспрессию одного или нескольких генов «отключают», или «выбивают» (нокаутируют), с целью получения мутантного животного С утратой той или иной функции. Создание нокаутных мышей имеет следующие этапы: конструкция вектора-мишени, содержащего выбранный ген, несущий делению или нонсенс-мутацию; трансфекция плюрипотентиой эмбриональной стволовой клетки мыши в составе вектора-мишени; гомологичная рекомбинация между трансгенной конструкцией и одной копией эндогенного гена с образованием эмбриональной стволовой клетки с гомозиготной делецией выбранного для исследования гена; введение мутантной эмбриональной стволовой клетки в оплодотворенную бластоцисту мыши; имплантация зародыша в организм суррогатной матери.

В результате рождаются химерные мыши, у которых все ткани, включая гонады, частично происходят из мутантной стволовой клетки, а частично из клеток дикого типа внедренного зародыша. Эти химерные животные скрещивают с животными дикого типа. При оплодотворении яйцеклетки дикого типа мутантной спермой химерных животных получаются гетерозиготные нокаутные мыши, во всех клетках которых одна копия выбранного гена является мутантной, а другая — дикого типа. Далее гетерозиготные животные скрещиваются друг с другом для получения нокаутных гомозигот, у которых выбранный для анализа ген отсутствует во всех клетках. Отсутствие гена у нокаутных животных реализуется в фенотип, который позволяет определить функцию гена в развитии организма, а также в нормальных физиологических условиях и при патологии. Создание нокаутных мышей технически является более сложной процедурой, чем трансгенез, на ее осуществление обычно уходит 9-12 мес.