Сердечный магнитный резонанс (СМР) показан при диагностике и оценке гипертрофической кардиомиопатии, т.к. позволяет определить параметры двух желудочков. Сердечный магнитный резонанс (СМР) можно использовать как метод первой линии для идентификации региональной гипертрофии, в частности базальной антеросептальной стенки и верхушки сердца. Правильно ориентированные параметры оттока из ЛЖ могут свидетельствовать о наличии обструкции, а скоростное картирование можно использовать для оценки пиков скорости. Четко визуализируются систолические колебания передних отделов митрального клапана.

С помощью сердечного магнитного резонанса (СМР) можно увидеть улучшение (в плане обструкции) после септальной аблации или резекции, а также определить локализацию и размер ИМ при контрастировании с гадолинием, что полезно для планирования повторных вмешательств. При сердечном магнитном резонансе (СМР) с миокардиальной маркировкой выявляют аномальные параметры натяжения, поперечный сдвиг и растяжение при ГКМП, свидетельствующие о выраженной дисфункции в гипертрофированных участках.