Профилактика кардиоэмболического инсульта сводится к лечению мерцательной аритмии и ее последствий. Основная цель - восстановление синусового ритма, предотвращение тромбообразования. Назначается медикаментозное лечение. Если лекарства не дают нужного эффекта, а также в тяжелых случаях прибегают к электрической кардиоверсии, которая проводится под общим наркозом.